Segundo a tradição popular sabemos que D. Manuel I tinha grande fé em Santo Amaro e visitava frequentemente a pequena capela. Bastante danificada com o terramoto de 1755, foi reconstruída e remodelada no Século XVIII.

O seu interior é formado por uma só nave e capela-mor.

Os três altares apresentam retábulos do final do séc. XVIII, as abóbadas são adornadas de estuques em estilo rococó e os silhares de azulejos são também do séc. XVIII, com possível proveniência da Real Fábrica do Rato. Estes representam painéis historiados, pintados a azul e branco com passos da vida da virgem, na cave, e a Morte e a Assunção da Virgem na Capela-mor. Na sacristia salienta-se o pavimento e o lavabo do século XVIII.