A antiga “Herdade de Ninha de Ribamar” que incluía a área do Palácio dos Aciprestes possui uma origem muito antiga (Século XIII).
No Século XVII esta propriedade era designada por “Casal Grande”.

Calcula-se que só no Século XVIII este palácio começou a ser chamado de Palácio dos Aciprestes.
No Século XVIII o palácio foi doado por D. José I a Alexandre de Gusmão, cavaleiro da Ordem de Cristo, Fidalgo da Casa Real e irmão de Bartolomeu de Gusmão.
O Palácio sofreu danos com o terramoto de 1755.

No Século XIX esta propriedade foi pertença do Visconde de Rio Seco. Neste período, aqui tinham lugar grandes receções frequentadas pela aristocracia da época.

Na década de 60 do Século XX o palácio sofreu obras de remodelação. Do edifício inicial mantém-se a capela, outrora dedicada a Nossa Senhora do Rosário, de onde se destaca um altar em madeira policroma e painéis de azulejos do Século XVIII. Nesta quinta subsiste a estrutura de um antigo pomar, um poço com moinho de vento, um tanque e uma casa de fresco. À volta do palacete existem pequenos muros revestidos a azulejo de figura avulsa do Século XVIII.

Atualmente, o Palácio dos Aciprestes acolhe a Fundação Marquês de Pombal, que intervém na área da cultura, ação social, investigação científica, artes plásticas, música e desporto.